• O praticante deve fazer os 21 dias de auto-tratamento de Reiki sempre que recebe uma iniciação num dado nível de Reiki. Os 21 dias são consecutivos. Ao fazer o seu auto-tratamento não deverá fazer perto da sua hora de dormir dado que poderá adormecer. Se adormecer ao fazer o Reiki, a energia não flui automaticamente enquanto dorme. Ela necessita do foco do praticante no momento presente para ser dirigida.
• O praticante deve evitar fazer o seu auto-tratamento numa superfície demasiado confortável, por exemplo, uma poltrona ou um sofá. Deverá fazer o seu processo de auto-tratamento, sentado numa cadeira. Nunca deverá fazer na sua cama, uma vez que, dado que a cama está associada a um objeto para dormir, a probabilidade de adormecer durante o auto-tratamento é bastante elevada.
• O auto-tratamento dura em média uma hora. No processo de purificação dos 21 dias, não deverá durar menos de 50 minutos.
• O praticante é o único responsável pela sua evolução espiritual. Deverá estar atento a todos os seus processos de auto-sabotagem, especialmente, durante os 21 dias obrigatórios de auto-tratamento de Reiki. Os resultados virão na medida do seu esforço (trabalho) e da sua fé à boa maneira de Santo Agostinho:
  “Ora como se tudo dependesse de Deus (Fé) mas trabalha como se tudo dependesse de ti (esforço e trabalho)”
• Deve colocar uma música suave de relaxamento dado que ajuda a concentrar-se mais facilmente. Evite tomar estimulantes antes da sua sessão de Reiki.
• Pode, opcionalmente, colocar um incenso para criar uma atmosfera de paz e convidativa ao trabalho interior
• A menos que esteja gravemente debilitado fisicamente ou intensamente desequilibrado em termos espirituais, não deverá procrastinar o seu auto-tratamento durante os 21 dias obrigatórios. Não deverá, como é óbvio, deixar de consultar, caso seja o caso, o médico ou um profissional de saúde devidamente habilitado em caso de problemas físicos.
• Durante o processo de auto-tratamento, é normal, dependendo do que cada praticante tem a expurgar dentro de si em termos emocionais e mentais, virem conteúdos do seu subconsciente ao de cima para se tornarem conscientes. Essa não é uma exclusividade do Reiki, mas de todas as terapias de natureza energética e espiritual. O processo de catarse é altamente desejável, do ponto de vista terapêutico e de evolução espiritual, embora nem sempre prazeiroso. Da mesma forma, a maioria das pessoas não achará grande prazer em fazer uma limpeza doméstica na sua própria casa mas, após essa operação de limpeza, certamente, se sentirá melhor ao estar dentro de uma casa limpa e asseada.